Vejo bastantes teorias sobre esse assunto e a que mais me faz sentido é a seguinte: em Deadpool já mostraram que duas pessoas diferentes podem ter o mesmo rosto, e em Homem-Aranha já demonstraram que a mesma pessoa pode ter rostos diferentes no multiverso.
Olhando pela questão do Mefisto no Wandavision e Ironheart, não duvidaria que os roteiristas não pensaram na justificativa do Destino ter a mesma cara do Stark.